Hermann war der vierte Sohn von Graf Friedrich IV. von Runkel zu Wied-Isenburg und dessen Ehefrau Agnes von Virneburg.

Im Alter von 6 Jahren wird er in dem Jahr 1483 dem Kölner Domkapitel zur Erziehung übergeben. Seine Brüder Adam und Dietrich waren bereits Domherren in Köln und Trier. Als sein Bruder Adam kurz darauf in dem gleichen Jahr verstirbt erhält Hermann dessen Position als Domherr zu Köln. In dem Jahr 1487 wurde Hermann, nach dem sein Vater gestorben war, Vollwaise, seine Mutter war bereits in dem Jahr 1478 verstorben.

Am 8.12 1493 immatrikulierte er sich in der juristischen Fakultät der Universität zu Köln. Nach dem Tod von Erzbischof Philipp II. von Daun wurde er am 14. März 1515 vom Kölner Domkapitel zu dem neuen Erzbischof von Köln gewählt. Am 26.06 1515 erfolgte von Papst Leo X. die Bestätigung der Wahl. Es sollten bis zur feierlichen Inthronisierung des neuen Erzbischofs jedoch noch drei Jahre vergehen, da der Papst auf die noch durchzuführende Priester- und Bischofsweihe bestand.

Hermann nahm 1519 an der Reichsversammlung in Frankfurt teil auf der Karl V. zu dem neuen Kaiser des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation gewählt wurde. Zur Wahl standen neben Karl von Habsburg noch Franz I. von Frankreich und Heinrich VIII. von England. Die Wahl Karls erfolgte durch die finanzielle Hilfe von Jakob Fugger, so erhielt auch Hermann ungefähr 40 Tausend Gulden Wahlentschädigung für seine Stimme.

Am 23.10 1520 krönte Hermann den gewählten Karl V. in Aachen feierlich zu dem Kaiser, bei den anschließenden Festlichkeiten in Köln wurden die Schriften Luthers mit seiner Zustimmung öffentlich verbrannt. Hermann stand der Reformation zu diesem Zeitpunkt kritisch und ablehnend gegenüber.

Auf dem Reichstag zu Worms in dem Jahr 1521 stimmte er für Ächtung von Martin Luther. Er gehörte zu den Unterzeichnern des Wormser Edikts. 1523 schließlich verbat er das Lesen und Verbreiten der Schriften von Martin Luther in dem Erzbistum Köln, Irrgläubige wurden verhaftet und ausgewiesen. Auf dem Reichstag zu Speyer in dem Jahr 1529 stimmte er für die Einberufung einer Kirchenversammlung zur Wiederherstellung des Religionsfriedens. In dem selben Jahr, am 28.09, loderten Scheiterhaufen in Köln, der Rat der Stadt hatte die Ketzer Peter Fliesteden und Adolf Clarenbach zu dem Tod verurteilt. Als Erzbischof, Herr der geistlichen Gerichtsbarkeit in dem Erzstift, hätte Hermann einschreiten können, er tat es jedoch nicht.

1531 wird Ferdinand I., ein Bruder von Kaiser Karl V., zu dem deutschen König gewählt. Die Wahl war besonders unter den evangelischen Fürsten umstritten, trotzdem salbte Hermann den Gewählten. 1532 wurde er Administrator von Paderborn nach dem sein Bruder Friedrich den Bischofsstab nach reformatorischen Aufständen niedergelegt hatte. Die Ruhe stellte er mit der Hilfe von Truppen der Grafschaft Wied wieder her.

1536 rief Hermann ein Provinzialkonzil der Erzdiözese Köln ein. Seinem Ruf folgten viele Kleriker, so auch die Bischöfe der Suffraganen Leiden , Minden , Münster, Osnabrück und Utrecht . Auf dem Provinzialkonzil unter Hermanns Leitung wurden verschiedene Verordnungen zu kirchlicher Lehren und Gebräuchen erlassen.

Um 1540 hatte Hermann sich zum Entschluß durchgerungen, in dem Erzstift Köln statt ca. einer Reform die Reformation durchzuführen. Er lud darum in dem Februar 1542 Martin Bucer zu einer Besprechungen mit dem Bonner Propst Gropper nach Köln ein. In dem Dezember 1542 beauftragte Hermann Martin Bucer eine evangelische Predigt am Münster in Bonn zu halten.

Propst Gropper bekämpfte daraufhin den Reformationsversuch Hermanns auf das Schärfste. Das Domkapitel verlangte die sofortige Entfernung des lutherischen Ketzers Bucer. Hermann sah sich gezwungen die Predigten von Bucer wieder einzustellen. Bei den Landständen des Erzstiftes fand Hermann in Frühjahr 1543 Unterstützung, er holte Philipp Melanchthon und andere evangelische Theologen nach Köln.

Das Domkapitel appellierte in dem September des Jahres 1544 öffentlich an den Papst und den Kaiser dem Erzbischof Hermann Einhalt zu gebieten. So wurde er auch am 18.07 1545 vom Papst nach Rom und vom Kaiser nach Brüssel zur Verantwortung geladen. Hermann ließ sich durch einen Gesandten vor dem Kaiser rechtfertigen und ignorierte die päpstliche Ladung.

Am 2.01 1546 erhielt Hermann durch den päpstlichen Legaten Erzbischof Verallo von Rossano das Schreiben seiner Suspendierung durch Papst Paul III.. Am 16.04 folgte seine Exkommunikation durch den Papst, und am 3.07 schließlich erklärte ihn Papst Paul III. für abgesetzt und ernannte den Koadjutor Adolf III. von Schaumburg zu dem Administrator. Nach dem Empfang der dritten päpstlichen Bulle erklärte Hermann jedoch öffentlich, dass er den Papst in Rom nicht mehr anerkenne und die Absetzung daher nichtig sei.

Am 24.01 1547 erreichten die kaiserlichen Kommissare Lalangus und Viglius Köln und verlangten von den Landständen des Erzstiftes dem designierten Adolf III. von Schaumburg die Treue zu schwören. Hermanns Unterstützung in den Landständen war jedoch noch weitgehend ungebrochen. Es drohte nun ein Aufstand, da große Teil des Volkes in dem Erzstift bereit waren für Hermann zu kämpfen. Um dieses Unglück zu verhindern entband Hermann das Volk vom Treueeid und trat am 25.02 1547 als Erzbischof von Köln zurück.

Hermann zog sich auf die Burg Wied zurück. Dort starb er am 15.08 1552 nach dem er das Abendmahls nach lutherischem Ritus empfangen hatte. Er wurde bei seinen Eltern in der Kirche zu Niederbieber beigesetzt.